臺灣-馬祖交通
台灣-馬祖飛機航班
立榮航空每日有固定航班往返松山南竿、三航班往返松山北竿，飛行時間約為50分鐘；臺中南竿航線亦有固定班次，飛行時間約65鐘。
馬祖地區氣候變化大，航班隨夏、冬季終昏時間或當日天候狀況可能會有調整，建議旅客出發前宜再洽航空公司確認。
相關資訊請洽立榮航空網站，網址相關連結
聯絡電話：02-2508-6999（臺北），0836-26522（南竿），0836-56576（北竿）。臺北<=>馬祖
| 票價 | 臺北-南竿單程約 NT2,007 臺北-北竿單程約 NT2,007 註：以上價格均不含兵險 優待票種票價說： 相關連結 |
| 飛行時間 | 約50分鐘 |
| 聯絡電話 | 訂位專線: (02)2508-6999 櫃檯專線: 南竿機場0836-26522 北竿機場0836-56576 |
臺中<=>馬祖
| 票價 | 臺中-南竿單程約 NT2,455 註：以上價格均不含兵險 優待票種票價說： 相關連結 |
| 飛行時間 | 約65分鐘 |
| 聯絡電話 | 訂位專線: (02)2508-6999 櫃檯專線: 台中機場04-2615-5188 南竿機場0836-26522 北竿機場0836-56576 |
台灣-馬祖輪船航班
臺馬之星為往來基隆港、東引、南竿福澳港三地之主要海上交通工具，交通資訊因天候或維修時有變動。
新華航業每日有固定船班往返馬祖、南竿、東引三地之間；臺馬之星每星期二停航保養。臺馬之星每日22：50於基隆出發(21:30至22:30為登輪時間)。
配合返臺維修，臺馬輪原則上雙周有一趟夜間開航返臺的航次，歡迎旅客多加運用彈性規劃遊程，詳細船班資訊請查閱全港通航業股份有限公司官網:http://www.shinhwa.com.tw/，或洽客服專線:02-2425-0396。航行路線：
單日(先馬後東)：基隆-南竿-東引-基隆
先開往南竿褔澳港，航程約10小時，靠港供乘客貨運上下船後，原船繼續開往東引中柱港，最後再開回基隆。
雙日(先東後馬)：基隆-東引-南竿-基隆
先開往東引中柱港，航程約8小時，靠港供乘客貨運上下船後，原船繼續開往南竿福澳港，最後再開回基隆。航行時間：
臺灣->馬祖：晚上20:00購票，21:30登輪，22:50由基隆港出發，夜宿船上，航程約8~10小時。
南竿->臺灣：早上07:30購票，08:30登輪， 09:30由南竿出發，傍晚17:00至19:00間抵達基隆港。
東引->臺灣：前一天下午14:00至17:00前往老爺飯店購票，雙日11:00，單日06:00登輪，傍晚17:00至19:00間抵達基隆港。乘船地點：
基隆市港西街16號2樓(西岸旅客碼頭二樓大廳侯船室)。
臺灣 – 南竿航行約10小時，南竿 – 東引航行約2小時，東引 – 臺灣航程約8小時；如受機埸關閉影響，福澳港開航時間延後1個小時；如受海象、潮流、季節、濃霧等影響，臺馬之星抵港時間將有30分鐘~1小時之誤差；如風浪超過10級時將停航；建議旅客出發前宜再洽新華航業公司確認。票價及即時船班資訊：
請參考 新華航業臺馬之星資訊網頁(相關連結) 聯絡電話：（基隆）02-2424-6868，（馬祖）0836-26655，（東引） 0836-77555。
航行時間：
- 航程時間長達8~10小時，但票價較飛機便宜。
- 購票時間：
電話或網路購票，於搭船日期起前60天進行訂位
基隆受理時間：上午08:30至17:00
南竿受理時間：上午08:30至17:00
東引受理時間：於前一日於老爺大飯店受理購票-下午14:00至17:00
現場購票-基隆19:30至21:00；(雙日)東引05:50至06:10、南竿08:00至09:00；(單日)南竿06:10至07:20、東引09:30至10:00(南竿亦可在前一日14:00至17:00於福澳碼頭購票)。 - 欲搭乘臺馬之星往返馬祖時，建議要注意當日是「先馬後東」還是「先東後馬」來安排行程以節省時間。
- 基隆港登船地點：基隆市港西街16號2樓(西岸旅客碼頭二樓大廳候船室)。
- 搭乘臺馬之星請備妥身分證，登船前要先經過出入境安全檢查。
馬祖島際交通
由南竿福澳港可搭 船轉泊至各離島及大陸福州馬尾港
北竿-（白沙港）；東引-（中柱港）；東莒-（猛澳港）；西莒-（青帆港）
南、北竿交通船
只開放開航前30分鐘現場購票、無法預訂
南竿福澳碼頭服務台：
南北海運股份有限公司 0836-22193 (吉順2、3、6、8號)
大和航業股份有限公司 0836-22130 (閩珠貳號、閩珠捌號)
北竿白沙碼頭服務台：
南北海運股份有限公司 0836-55388 (吉順2、3、6、8號)
大和航業股份有限公司 0836-56599 (閩珠貳號、閩珠捌號)
長億海運股份有限公司 0836-26169 (金龍輪)
備註：
1、購票時，請出示身分證或相關證明文件。
2、現場購票，全票160元、半票80元(請出示相關證件)、縣民全票110元、團體票150元(20人以上團體)
東、西莒交通船
團體及一般乘客：
- 每航班以140人為限(團體100人、一般乘客40人)。
- 開放2個月至開航前1小時訂位，已訂位之旅客保留訂位至開航前30分鐘，逾時不候。
- 訂位時須提供旅客名單資料，含姓名、身分證字號、出生年月日。
- 購票時須出示身分證、護照或戶口名簿(正本)。
無訂位之旅客：
- 若航班尚有空位，可於現場直接購票；遇航班已無空位時，可於現場填寫後補名單，並於開航前30分鐘視報到情況，仍有餘位時，則唱名開放後補。
- 已訂位未於規定時間內完成購票者，視同無訂位之旅客。
- 購票時須出示身分證、護照或戶口名簿(正本)。
其他：
- 滿三歲且未滿十二歲、六十五歲以上、身心障礙者及殘陪(限1人)，須出示中華民國國籍身分證件或身心障礙手冊，可享半票優待。
- 未滿三歲之兒童，需出示中華民國國籍身分證件，可享免費優待。
◎注意事項：
- 目前尚無提供刷卡服務。
- 為確保您的訂位權益，請於購票規定期間內完成訂位及購票程序，逾時視同放棄。
- 如遇天災、不可抗力之因素或人力無法控制之情況，基於安全考量，本公司有變更或取消航班之權利。
- 為維護其他旅客安全，攜帶寵物搭乘時，請妥善安置於疏運籠內(一隻一籠)。
航班表：
全票：200元 / 半票：100元
(南竿)現場購票時間：06:30~07:00、10:00~11:00、13:30~14:30
(莒光)現場購票時間：07:00~08:00、11:00~12:00、14:30~15:30
網路訂位：https://www.matsuebs.com/
諮詢專線：(0836)23120、(0836)22754
傳真號碼：(0836)22476
客訴專線(連江縣交通旅遊局)：(0836)22408
(馬祖連江航業有限公司)：(0836)22500
南竿-東引交通船（臺馬之星）
配合臺馬之星航班，南竿前往東引，上午9點10分以前在福澳候船大樓購票登船（周三無航班）；東引前往南竿，搭船前一日在新華公司服務處購票。全票350元、半票175元。
新華航業： 0836-26655（南竿）， 0836-77555（東引）
南竿-東引交通船（臺馬輪、東海明珠）
臺馬輪延用，每單日從南竿開往東引，上午8點30分開航，乘客請前往碼頭現場購票。東引前往南竿，上午7點開航，搭船前一日晚上在新華公司服務處購票。全票350元、半票175元。
若臺馬交通停航，將會由東海明珠代開，請留意本站航班公告。
大坵交通船
南北海運大坵航班106年4月1日正式啟航！於4、5、9、10月每日1航次，6、7、8月份每日2航次，航行路線為：福澳港→大坵島→白沙港→福澳港．
4、5、9、10月每日1班開船時間：
去程：09:50福澳港→大坵 回程：12:10大坵 →白沙港→福澳港
6、7、8月每日2班開船時間：
第1班去程：09:50福澳港→大坵 回程：12:10大坵→ 白沙港→福澳港
第2班去程：13:20福澳港→大坵 回程：15:40大坵 →白沙港→福澳港
來回票：
全票：350元
縣民票：250元
優惠票：200元（滿3歲而未滿12歲之兒童、65歲以上及身心障礙者）
保險票：35元（3歲以下）
預約電話： 0836-22193 / 0836-25151 傳真：0836-23999
離島直昇機
冬令期間開航。南竿往返東引每日只一架次，南竿往返莒光每星期一、三、五各一架次。
南竿–東引：每日中午12時40分開航，每趟最少需有設籍當地居民4人始可飛航，當日不足飛航人數時，則併入隔日飛行。遇2日以上無任何替代工具往返南竿、東引間時，不受最少搭乘人數及設籍條件限制。但每日最高以3趟為原則，當日旅客達12人以上啟動第2趟飛航機制，達20人以上啟動第3趟飛航機制。
東引票價：設籍馬祖民眾1200元、非設籍馬祖民眾3000元
莒光票價：設籍馬祖民眾800元、非設籍馬祖民眾2000元。
（2歲以下免費、65歲以上及身心障礙者半票優待）
離島海空交通常用電話：
連江航業公司（臺馬之星）：0836-22503
全港通航業公司（臺馬輪）：0836-26368
南竿－莒光航線：佶星航業 0836-22754
南竿－北竿航線：南北海運 0836-22193、大和航業0836-22130。
東莒－西莒航線：莒光海運行 0937-505849（西莒）、0928-094686（東莒）。
港務處：0836-22948
南竿福澳碼頭服務台：0836-26760
北竿白沙碼頭服務台：0836-55388
德安航空公司直昇機訂位電話：
（南竿）0836-25350
（東莒）0836-88131
（西莒）0836-89007
（東引）0836-77071
立榮航空訂位電話：
專線電話：02-25086999
立榮航空櫃台專線：
北竿機場：0836-56576
南竿機場：0836-26522
連江縣港務處官網：
http://www.mtha.gov.tw/FlightInfo/MonthInfo.aspx